I ricercatori del Karolinska Institutet hanno sviluppato una piattaforma web che offre una visione senza precedenti del corpo umano a livello cellulare. L’obiettivo è creare una risorsa inestimabile per i ricercatori di tutto il mondo per aumentare la conoscenza sulla salute e le malattie umane.
Lo studio è pubblicato su Genome Biology.
La misurazione simultanea di numerose variabili biomolecolari, note come multi-omiche, consente una profilazione approfondita e completa della biologia umana. Il nuovo Atlante a cellula singola (SCA) si basa sull’analisi di migliaia di campioni di tessuto umano provenienti da 125 diversi tessuti adulti e fetali. I ricercatori hanno combinato otto tecnologie omiche all’avanguardia, tra cui il sequenziamento dell’RNA di singole cellule, il sequenziamento dell’intero genoma e la trascrittomica spaziale per mappare e localizzare i geni espressi nel tessuto.
La piattaforma fornisce approfondimenti unici sulle proprietà delle singole cellule e sulle loro interazioni all’interno dei tessuti. L’ampia raccolta di dati è liberamente accessibile attraverso il sito web della piattaforma .
“L’Atlante a cellula singola non solo fa risparmiare tempo e risorse, ma promuove anche un ambiente collaborativo per scienziati provenienti da diversi campi, aprendo la strada a nuove scoperte e innovazioni”, afferma il primo autore dello studio Lu Pan, ricercatore presso l’Istituto di medicina ambientale, Karolinska Istituto, Svezia.
Guardando al futuro, il team prevede di perfezionare la SCA introducendo analisi più dettagliate e aggiornamenti annuali. Questi miglioramenti colmeranno le lacune nella rappresentazione dei tessuti e amplieranno le dimensioni del campione, consentendo una ricerca più precisa.
“La creazione della SCA segna un significativo passo avanti nella ricerca biomedica”, afferma l’ultimo autore dello studio Xuexin Li, ricercatore presso il Dipartimento di Fisiologia e Farmacologia (in precedenza presso il Dipartimento di Biochimica e Biofisica Medica), Karolinska Institutet. “Il nostro obiettivo è arricchire continuamente l’atlante, rendendolo una risorsa inestimabile per comprendere la salute e le malattie umane”.
La ricerca è stata condotta in collaborazione con la China Medical University e diversi altri partner internazionali del Single Cell Atlas Consortium. Lo studio è stato finanziato dal Karolinska Institutet e dalla KI Network Medicine Global Alliance (KI NMA). Il coautore Volker Lauschke è CEO e azionista di HepaPredict AB, co-fondatore e azionista di PersoMedix AB, e divulga il lavoro di consulenza per Enginzyme AB. Gli altri autori dichiarano di non avere interessi concorrenti.
Pubblicazione: “Single Cell Atlas: a single-cell multi-omics human cell encyclopedia” , Lu Pan, Paolo Parini, Roman Tremmel, Joseph Loscalzo, Volker M. Lauschke, Bradley A. Maron, Paola Paci, Ingemar Ernberg, Nguan Soon Tan , Zehuan Liao, Weiyao Yin, Sundararaman Rengarajan, Xuexin Li, per conto del Consorzio SCA, Genome Biology , online il 19 aprile 2024, doi: 10.1186/s13059-024-03246-2.